バックパッカー入門！海外一人旅のススメ

＞エクスペディアやBooking.comがよいというのを見かけます。

どこをどう良いと感じるかは、ホテルを予約する際のポイントと同じように、人それぞれだと思います。

例えば、とにかく安ければなんでも良い（→トラブル発生時は自力で対処）という人もいれば、多少高くてもサポートの対応がしっかりしたところが良い（→安心を買う）と考える人もいるでしょう。

＞ホテルを検索する上でおすすめのサイトや、

TripAdvisor （トリップアドバイザー）は複数の予約サイトを一括検索して最安値を表示し、かつ独自のクチコミ情報も豊富なのでなかなか参考になります。
※TripAdvisor自体は予約サイトではありません。

＞サイトによる違い(注意すべきこと）はありますでしょうか？

キャンセル時やトラブル時の対応ですね。

キャンセルポリシーは各サイトを見ればわかりますが、サポートの対応はネットで（実際に利用してトラブルに遭遇した人の）評判・クチコミを調べるか、自分で問い合わせてみないことにはわかりません。

（一概には言えないけれど）外資系の予約サイトは安い代わりに何かあった時の対応が良くない傾向にあるようです。